事業單位人員考研違約金問題

我2009年6月畢業後，與某省氣象局簽定就業協議，同時簽定省局列印的一份協議。這份協議上寫明：見習期一年，一年後轉正，並簽定正式聘用合同。服務期不得低於5年(包括見習期)。如果在這期間違約，按照中國氣象局《關於穩定科技骨幹隊伍的通知》中氣人發[1993]27號規定：我要繳納8000元違約金，按每年20%遞減，同時交納單位為我付的培訓費。

另外，我在網上看到“中國事業單位聘用制”裡規定的內容與中國氣象局的檔案規定有矛盾的地方。

我2009年7月到8月參加了崗前培訓，局裡為我花了1000多元的.培訓費。

請問：

按照法律規定，如果我在見習期或一年轉正之後分別考研走人，(今年考研複習時間太短，可能考不上)應該遵照哪個檔案?我應該繳納多少違約金?省局有沒有權利扣押我的檔案?

因為有個師兄考研走的時候跟省局好說歹說才准許提走檔案，我現在有些害怕。請高人賜教。謝謝。