一個二代測序高通量資料分析線上教程

現在的確又不少研究單位和公司開辦關於生物資訊學、二代測序資料分析等等之類的培訓班，說實在這個培訓班的效果有多大，確實不好說。但我個人認為，多數這類培訓班都是針對生物資訊剛入門的學員。因為現在高通量測序確實很普遍，很多傳統做溼實驗（做生物資訊資料分析的.實驗常被稱為幹實驗）的實驗室現在很多課題和專案多少都涉及二代測序資料分析，所以老闆都會派一些學生來參加培訓和學習。相信這些學習會對於初步瞭解一下生物資訊以及二代資料分析還是有幫助的，但是效果可能會與各個培訓班的質量相關。參加完培訓班學習後，關鍵還是要自己多探索、查資料、讀相關論文和軟體的manul。畢竟這些二代資料分析不是幾天就能掌握其精華的，如何從海量資料中利用生物資訊學分析方法和工具軟體挖掘生物學故事還是一門科學。

今天生物資訊學QQ群裡面大家討論關於生物資訊培訓的事情，很多網友表示現在的培訓班現在培訓的費用很貴，而且價值不大，於是有網友推薦一個基於第二代高通量測序資料分析線上教程，於是把這個資訊放到PLoB的網站上來與大家分享。對於不打算準備參加培訓的童鞋以及正在從事高通量測序資料分析的同學可以考慮讀讀這個線上教程。

這個教程的主要內容包括：

1、瞭解生物資訊各種常見資料檔案格式和標準

2、熟悉目前常用的二代測序儀（Illumina HiSeq、ABI SOLID以及Roche 454）的短reads的分析

3、短序列、長序列的比對

4、Chip-Seq分析以及peak calling

5、SNP分析以及基因組變異分析

6、基因組拼接組裝

8、巨集基因組（metagenomics）資料分析

9、利用R以及其他軟體包對分析的資料進行視覺化與畫圖

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教程名稱：Fall 2012 - Analyzing High Throughput Sequencing Data

上面的連線中已經包含了各種資料分析的ppt教程測試資料和相關軟體，大家可以直接下載。