不認同公司的文化制度只能辭職嗎？

來公司半年有餘，剛開始在公司工作的順順利利的。後來公司成立了專門的監督部門。許許多多員工對這個新成立的`部門頗有微詞。大都以無人性，專斷來衡量。同為同事，理解出現偏差，必須扣自己的工資。即使出現所謂的仲裁委員會，但是形同虛設，委員會裡都是那新型公司的領導，護犢子心切嚴重。
曾經嘗試與領導溝通，但直接上司說無奈，因為上司也無奈。嘗試匿名上訪，但卻遭到公司調查。終究無法認同公司制度，是直接提建議還是無名的辭職？（公司員工正在陸陸續續的因為這個原因辭職）