關於公司採購員離職後不肯歸還在職時的採購借款

我們是一家機械製造公司,2月28日由於合同到期,公司採購員賴某另謀發展,向公司提出離職申請.按照正常的離職程式辦理,但到了財務部門出現了問題:尚有4000元未退回財務,當時賴某說是等結工資時再結清.過了兩天賴某來公司結工資時,反口向公司領導要去年的加班費,雙方相抵.公司的意見:如果對加班費的.結算有異議,可以向勞動部門投訴,但借公司的貨款要退還.結果大家不歡而散.(對於欠他加班費問題,我們還重新核算過,不存在欠款).我們公司在這種情況下,如何做?現希望得到法律的幫助,謝謝.